По его словам, приоритеты деятельности управления определяет обстановка в стране. Так, если раньше основными установками были разведка, контрразведка и борьба с оргпреступностью, то сейчас одно из главных направлений - борьба с терроризмом. Кроме того, в связи с Указом Президента РФ от 11 марта 2003 года в структуру ФСБ сегодня дополнительно включены пограничные органы, авиационные и судебно-экспертные подразделения, и соответственно, добавились новые ориентиры в работе - пограндеятельность и обеспечение информационной безопасности.
Говоря о подготовке к проведению выборов в Госдуму РФ в декабре этого года, Н.Пиюков заметил, что задачи управления - предотвращение возможных террористических проявлений, создание условий для нормального проведения выборов при взаимодействии с другими структурами, предотвращение грязных технологий, выявление нарушений законодательства (запугивание, подкуп).